背景
2004年11月，某兒童醫院在國中小校園裡招募HPV疫苗的人體試驗自願者一事引發社會關注，台灣女人連線亦開始追蹤疫苗相關訊息。2006年5月22日，美國FDA以快速通關的方式核准了第一支HPV疫苗上市，但同時也提出了包括上市後要評估短期安全性、2009年以前研究足夠人數的11-12歲兒童以核准安全性分析、及2018年以前提供免疫有效期限之資料等7項附帶條件。安全性尚未確立便急忙上市的行為及HPV疫苗廠商強力行銷、遊說等動作引起了美國及國際社會的不滿。2007年2月德州州長下令強制11-12歲青少女全面施打HPV疫苗被立法機構要求撤回，並爆出德州州長幕僚長收受藥廠政治獻金的醜聞，更迫使藥廠於當年2月20日宣布不再遊說國會將此疫苗納入例行性接種。
在台灣，第一支HPV疫苗於2006年10月上市，然上市後卻不斷出現令人擔憂的現象，包括醫療院所促銷疫苗並喊出「打三針護一生」之不實宣傳口號、片面的資訊讓8成女性誤認子宮頸癌疫苗可防所有性病、及醫師要求四、五十歲婦女接種HPV疫苗等。此外，在疫苗上市不久，便有國內醫師呼籲要立即將HPV疫苗納入常規接種，部分立法委員也隨即提出13-15歲女性全面施打HPV疫苗的要求，同時，推動將HPV疫苗納入公費施打的學會、團體亦紛紛成立。
公費施打HPV疫苗之爭議
一、疫苗的有效免疫期未知
美國FDA在核准HPV疫苗（Gardasil）時有7項附帶條件，其一是要求藥廠每兩年提供一次免疫有效之報告，並需於2018年12月31日完成最後報告。且目前疫苗有效保護期有多久？失效後會如何？是否需要接種加強劑？目前皆未知。
二、疫苗長期安全性尚未確立
美國FDA的7項附帶條件當中，亦要求2009年9月30日以前提出足夠人數11-12歲兒童研究報告，以核准安全性分析。此外，並要求於2018年12月31日以前提出長期安全性之研究報告。
三、施打疫苗並無急迫性
子宮頸癌並非如腸病毒或流感等極易爆發傳染之疾病，它的傳染途徑是經由性行為所致，可以安全性行為（戴保險套）預防；此外，子宮頸癌的演變通常需10年的時間，期間定期抹片檢查亦可以早期發現早期治療(詳見HPV文章)。在無疫情緊急狀況、又有可替代的預防方法之下，新藥上市未經過觀察就急著納入公費施打，是否妥當，值得討論。
四、缺乏全面的政策評估
HPV疫苗所費不貲，如果將此疫苗納入公費接種很可能與其他民眾之醫療需求產生排擠與競合，在國家經費有限之下，此疫苗之急迫性及優先性為何，應先要有全面評估。此外，根據國民健康局提供的女性十大癌症五年變化率，子宮頸癌是所有癌症當中降幅最大的癌症(-25.8%)，子宮體癌、乳癌及卵巢癌卻是不斷上升，中央/地方政府若將不成比例的大筆預算放在HPV疫苗的採購及施打上，是否合乎正義亦令人質疑。
我們的立場
1. HPV並不會因為空氣或接觸而傳染。它的傳染途徑為「有選擇性」的行為─性行為傳染，因此，昂貴的HPV疫苗僅是防治的方法之一。在疫苗許多未知尚未釐清之前，我們認為保險套除了可近性高、可避孕之外，亦可預防愛滋病等各種性病傳染，且副作用最低。國外研究業已證實保險套預防子宮頸癌的效果可達7成，相當於HPV疫苗的效果。因此，子宮頸癌的防治仍應著重在安全性行為（戴保險套）、定期作子宮頸抹片檢查的落實。同時，我們也要呼籲政府：
2. 目前HPV疫苗仍有許多未知，政府應善盡告知之義務，對於不實廣告及資訊也應出面解釋說明，以保障民眾選擇的權益。
HPV疫苗是否應公費施打，政府應先提供全面及完整之評估報告，以避免排擠民眾其他更為急迫之醫療需求。
3. 衛生署應負起責任針對接受公費施打HPV疫苗之民眾建立長期追蹤系統，以了解疫苗效益、是否影響抹片習慣、及是否出現病毒取代(replacement)之情形。
4. 全面檢討子宮頸癌防治政策、提供婦女完整子宮頸癌防治教育、致力於具性別意識的性教育才是子宮頸癌防治的根本之道。
現況
至2011年為止，FDA所要求藥廠於2009應提出之安全性分析報告仍尚未出爐，台灣卻已陸續有金門、台北縣(新北市)、嘉義縣、新竹市及台中市針對國中女生公費施打HPV疫苗。衛生署亦預計於今(100)年針對山地離島地區及中低收入戶提供HPV疫苗公費施打。台灣女人連線認為，HPV疫苗之長期安全性及有效性目前並未確立，是否需追加注射疫苗亦屬未知，且目前已有研究發現某家疫苗HPV18型抗體濃度下降至自然抗體之情形，因此為確保國人健康權益、避免資源浪費，已委請立法委員黃淑英提案，要求衛生署建立完整的後續監控系統，並整合各縣市之施打情形、定期公布於網站供民眾查詢了解。