「優生保健法」於1984年正式公布，其內容針對人工流產、結紮等議題進行規範。當時主要是為了「解決人口過剩問題」及「強國強種」之目的而讓人工流產合法，並非以婦女健康作為立法的中心。在國外，人工流產議題牽涉到「胎兒生命權」與「女性身體自主權」的爭議已久，一直未能有定論。在台灣，因為當時的民情及人口壓力，優生保健法的立法過程中，人工流產合法化並沒有面臨「生命權」、「自主權」的衝突，但是由於立法院的委員多為男性，因此，出現「已婚婦女必須有配偶同意才能施行人工流產」的「父權條款」。
人工流產之現行規範：
依據刑法的規定，人工流產是不合法的行為，但如果合乎優生保健法第九條之下列規定則可施行人工流產：
一、本人或其配偶患有礙優生之遺傳性、傳染性疾病或精神疾病者。
二、本人或其配偶之四親等以內之血親患有礙優生之遺傳性疾病者。
三、有醫學上理由，足以認定懷孕或分娩有招致生命危險或危害身體或精神健者。
四、有醫學上理由，足以認定胎兒有畸型發育之虞者。
五、因被強制性交、誘姦或與依法不得結婚者相姦而受孕者。
六、因懷孕或生產將影響其心理健康或家庭生活者。
婦女若已婚要實行人工流產需經配偶之同意（即所謂的父權條款），若未成年少女要實行人工流產則需法定代理人的同意。
若因前五項原因實行人工流產，健保將會給付，中低及低收入戶亦會有醫療相關補助。
人工流產修法歷程及現況：
1999年，罕見疾病患者要求將罕病納入優生保健法之適用範圍內，開啟了第一次修法的討論，而婦女團體及宗教團體也希望藉此機會重新檢視並修改法案內容。
2003年，天主教聯合其它宗教團體組成「尊重生命全民運動大聯盟」，並請立委江綺雯提案，要求刪除第九條第六款，同時要求婦女需接受強制諮商及六天思考期，幾乎全面關閉婦女人工流產的管道，引起婦女團體強烈反彈。台灣女人連線與台北市女權會則提出婦女團體版本的「生育保健法」草案，內容涵蓋生育健康照護及教育、友善生產環境、生育風險補償基金、尊重女性自願人工流產的選擇權等，獲得數十個婦女團體共同連署，並請立委高明見提案。
同年，衛生署亦將更名為「生育保健法」的版本送入行政院院會，此版本較為接近婦女團體之立場，但8月新上任的衛生署陳建仁署長以部分條文爭議過大為由主動撤回該案，表示將在一個月內重新修訂，再送至行政院。當版本再度送進行政院後，陳其南政委曾召開一次會議討論，但由於仍有許多爭議，因此未有定論。
2005年基於屆期不連續之原則，宗教團體版本由第六屆立委林岱樺與楊麗環再次分別提案。林岱樺版本將現行條文第九條第六款之規定增加墮胎前六日的思考期以及強制輔導諮商，且輔導諮商之內容「應以保護胎兒為目的，並積極鼓勵婦女繼續妊娠，提醒婦女任何情況下胎兒皆具有生命權…」；楊麗環版本除在人工流產前加入六天思考期及強制諮商，並增加生育補助、托育設備及育嬰津貼的給付等，更特別將「守貞到結婚的性教育」新增至優生保健法。婦女團體提出提供婦女全面生育照護之生育保健法修法版本，於同年9月請立委黃淑英送入立法院。
2006年10月18日行政院於院會通過修法並更名為「生育保健法」，由於攸關婦女權益的法案卻未經行政院婦權委員會討論就直接定案，引起婦權會李佳燕、蘇芊玲、黃長玲及謝臥龍等四名委員強烈抗議，並以辭職表達不願為政院背書的立場。12月11日立法院召開修法公聽會，宗教團體、婦女團體、醫師、學者及人權團體等皆到場展開激烈對話，亦有學生團體在場外抗議宗教團體版本。當日下午立院僅審至第8條，未討論爭議之條文。2007年1月，立法院欲再度審議優生保健法，但最後由於開會人數不足流會。
2008年，宗教團體版本由第七屆立委楊麗環繼續提案，仍維持六天思考及強制諮商的規定，但已不見要求婚前守貞的性教育內容；立委林岱樺版本因屆期不連續所以不審查。婦女團體版本則由立委黃淑英再次提案。
2012年，第八屆立委屆期已送入立院的修法版本包括行政院版本、楊麗環版本、改由立委吳宜臻提案的婦女團體版本、以及立委賴士葆版本。立委賴士葆版本中，將第九條第四款之醫學理由增加要求須有相當之醫學證據可支持；第六款則更嚴格要求因懷孕或生產，將影響其心理健康或家庭生活者，需經二名以上醫師或一名醫師及一名心理諮商師診斷確有相當理由。
自2007年1月的委員會流會後，至今由於爭議過大，立委及婦女、宗教團體皆未主動積極排定法案審查或進行遊說。
人工流產修法之爭議：
目前，各個版本間最大的爭議處在於：
（一）國家可否強制要求婦女在人工流產前接受諮詢／商（心理輔導）
宗教團體及行政院的版本皆明確要求婦女如要實施人工流產需接受「強制輔導諮商/詢」，然而，婦女團體認為國家的責任應該是提供婦女「諮詢」的管道，由醫師告知婦女完整的人工流產相關資訊，但不可「強制」每一位婦女都必須接受心理輔導的諮商或諮詢。
（二）國家是否可強制婦女一定天數的（重新）思考期
宗教團體版本及行政院版本分別要求婦女在實施人工流產前要有三日與六日的思考期，婦女團體反對國家強制規定每一位婦女都必須再有一定天數的（重新）思考期。
（三）國家是否應強制已婚婦女在手術前告知配偶、甚至經過配偶同意
宗教團體版本維持實施人工流產前須經配偶同意，而行政院版本則將需由配偶同意改為需告知配偶。但婦女團體認為，女性應擁有自己的身體自主權。
我們的觀點
一、以嚴苛的法律規定限制女性人工流產，違反女性身體自主權
雖然衛福部將原本優生保健法中「配偶同意」改為「告知配偶」，似乎還給女性身體自主權，但從實際生活層面來看，告知先生與需要先生同意的結果其意義是相同的。事實上，當夫妻關係良好時，不需法律規定，婦女也會與先生一同討論共度難關；夫妻關係有問題時，有時告知並非尊重，而是挑釁，反而造成不必要的衝突。
其次，當男朋友/老公用生氣或分手威脅時，有多少女人依然能拒絕發生不想要的性行為？如果男朋友/老公不想帶保險套時，又有多少女人有能力/權力要求對方戴上以避孕或避病？女性在還未走到面臨懷孕、決定要人工流產之前，與男性伴侶間的情感關係可能早就處於權力不對等的狀態，女人沒有百分之百拒絕發生性行為與避孕的能力。若再發生非預期懷孕，卻還得被迫面對外界要求她生下孩子的沉重責任與壓力。
因此我們認為，女性一旦決定實行人工流產，國家法律應尊重女性身體自主權，不應再設下重重關卡阻礙女性的權利，甚而危害女性的健康。
二、強制諮詢／商與強制思考期歧視女性的思考與決定能力
我們反對婦女在人工流產前應該強制諮商的規範及思考期的規定。根據世界衛生組織的建議(WHO, 2003)，女性在人工中止懷孕前接受諮商，應完全出自於自願，且應給予絕對的保密，並由受過訓練的專業人員提供服務。我們認為，國家有義務提供並協助民眾獲得充分的資訊，而這些資訊必須完整、精確、易於被了解，且提供的方式應注意到接受者的隱私權，讓婦女可依據其自身的生活條件、身心狀況、價值觀以及信仰等因素，以及在沒有批評的壓力下作決定。不顧婦女意願、強制婦女接受心理輔導是違法行為，且嚴重侵犯人權！
不管是成年、未成年，其實每個女人都不希望面臨「要不要人工流產」這個難題。當一個女人知道自己意外懷孕的那一刻起，她已經時時刻刻都在思考著這個問題。根據台灣婦產科醫學會2006年針對有人工流產經驗之婦女所做調查，在647份有效問卷中，有79.13％之婦女，從知道懷孕到決定人工流產，至少都已思考四天以上，甚至52.7％的婦女至少思考一週以上；而到實際去求醫，66.82％的婦女又再經過四天以上的思考。所以，事實上，大部份的婦女從知道懷孕到實際求醫都已經過至少八天以上的思考時間，且當中也與家人、朋友、甚至專家們不斷反覆討論及商量，幾乎很少女性是在知道懷孕的當下就決定要人工流產。因此要求婦女再回家重新思考，是對女性思考及決定能力的嚴重歧視。
許多婦女因為再三考慮，常是拖到懷孕快三個月時才決定作人工流產，如果到了診所卻被要求必須先回家重新思考三/五天之後才能作手術，除了容易錯過安全期而增加風險，再者，來回奔波對於偏遠地方的婦女亦非常不便。依據英國的一項調查，婦女在到醫療院所前，均已做好人工流產的決定，思考期越長，只是使得女性越容易處於不安全的人工流產環境中（包括：週數較大、非法的人工流產環境）。
截至2007年，在世界上人力發展指標全球前30名的國家中，有17個國家以法令規定人工流產前強制諮商，其中10個國家的主要宗教背景為天主教。另外，只有8個國家以法令規定人工流產前要經過思考期的等待，當中7個的主要宗教背景為天主教。這些天主教國家都強調尊重生命，反對人工流產，因此會有這些強制性的規定。
宗教團體不斷提出強制諮商與思考期將會減少人工流產人數，但從衛福部委託的研究報告指出：有無強制諮商與思考期對於是否能降低人工流產比例無法做因果關係的推論！
三、限制人工流產，將置婦女於人工流產的健康風險中
WHO 2002年的報告指出：「婦女實行人工流產的風險是來自於不安全的人工流產環境，而不安全的人工流產環境又與一個國家人工流產合法化的範圍有關」。在台灣，優生保健法中規定已婚婦女須取得配偶同意、以及未成年少女須得到法定代理人同意之限制，事實上可能會導致這些女性被迫使用不安全的人工流產方式，如：自行使用RU486、尋找密醫等，因此，我們要強烈呼籲衛福部，請讓台灣女性有一個安全的人工流產環境！
四、尊重生命應重視生命的尊嚴與遠景，而非僅在於生命的形式
當宗教團體在高呼尊重胎兒生命的同時，我們不能忽略母親也是個活生生的生命個體之事實，例如：在台灣，許多未婚小媽媽在非預期懷孕生產後停止繼續接受教育、或者在奉子成婚後發生家暴、離婚；單親媽媽生下多個子女，最後因面臨沉重的經濟壓力，而被迫拋下孩子走上絕路。或許對有宗教信仰的人而言，「阻礙胎兒生命發展」是一種罪，但若是一個生命來到世上，無法獲得良好的照顧與健全的成長環境，甚而還使生下他的這位母親深陷於自己的生命困境之中，這將迫使我們必須再重新思考何謂「尊重生命」的真義。
生命的抉擇很重大，很複雜，也很困難，人工流產不應被簡化成扼殺生命的血腥意象，而「尊重生命」更不僅在於生命的形式，應該重視的是生命的尊嚴、期許與遠景。我們要讓每個小孩能在期待與祝福中出生，而不是去強迫懷孕女性在非自願、且不利孩子發展的環境下生下孩子，否則將可能造成的是兩個生命的悲劇。
五、降低人工流產應從正確的避孕衛教著手
無論是WHO、開羅國際人口發展會議均已明白的表示，要減少人工流產應從避孕觀念的宣導與提供著手，政府的角色應是提供充分的避孕衛教與服務，而不是用法令來限制人工流產。
因此，要減少人工流產（尤其是青少女的部分）應先正視情慾存在的事實，並從宣導及提供正確的避孕及避病觀念著手，讓女人有充足的性知識，並有安排自己性生活、決定要或不要有性行為的能力及權力，而非將部分宗教的禁慾信仰強加在有其它信仰的人身上，或甚至治標不治本地對人工流產加以更多限制。對於非預期懷孕的婦女，我們應提供她們更安全、友善的環境，以慈悲及包容來支持她自己所選擇的人生，而非讓她們在壓力、羞辱及恐懼中作出人生重要的決定。
對於所有的女人來說，人工流產永遠不是女人的第一首選，但女人應有自己決定要或不要的權利。
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