心血管疾病不但是紅斑性狼瘡最主要的併發症，也已經成為自體免疫疾病患者最主要的死因。2008年底，美國一個研究團隊分析了「護士健康研究」（Nurses’ Health Study）中的資料，就發現有紅斑性狼瘡的女性發生中風和冠狀動脈心臟病的機率是一般女性的2.3倍。
紅斑性狼瘡患者由於其免疫系統功能失調，使體內產生自身抗體（auto-antibodies）攻擊正常細胞，進而造成體內多處發炎，而發炎反應在心臟病的形成上扮演著相當重要的角色，因為發炎會造成如動脈粥樣硬化、血栓與血管阻塞等症狀。且患有紅斑性狼瘡的婦女，比一般婦女更容易帶有傳統上引發心臟病的危險因子，如糖尿病與高血壓。此外，這些婦女也出現較早停經、較高含量的不安全血脂，如三酸甘油脂和低密度脂蛋白膽固醇（LDL）等現象。這些危險因子都會使發炎反應更加惡化，進而加速動脈硬化的速度與提高冠狀動脈心臟病發生的機率。
除了上述的原因，因身體不適、較缺乏活動的生活形態以及因治療紅斑性狼瘡而使用類固醇等，也可能影響發生心臟疾病的機率。
由於目前對紅斑性狼瘡患者來說，心臟病已成為最主要的死因，因此患者在接受治療的同時，應該要特別注意自己的心臟健康，可以藉由運動、戒煙、控制體重、膽固醇等方式來降低心血管疾病的風險。