自從美國女性健康倡導計畫（WHI）的研究指出HRT會提高乳癌、心臟病及中風的風險後，美國一些專家提出異議，認為WHI所研究的女性平均年齡為65歲，年輕女性個案不足，無法因此判斷早期使用荷爾蒙療法（HRT）是否可以預防心臟病。
目前英國與歐洲國家都傾向不以HRT作為治療骨質疏鬆的第一選擇，因為之前的研究證實，雌激素與黃體素的複合式荷爾蒙療法會提高乳癌及心臟病的風險，而只服用雌激素的荷爾蒙療法則會增加罹患子宮癌及乳癌的危險。因此在英國及歐洲國家，醫生僅有在治療更年期症候群的時候才建議婦女使用HRT，而且服用時間及藥量都是越少越好，醫生並不會鼓勵沒有更年期症候群的婦女使用HRT。
然而，一項由美國北卡羅來納州維基森林大學浸信醫學中心發表的研究最近指出，如果提早到更年期前5-10年就開始服用荷爾蒙的話，能預防心血管疾病。進行此項研究的Jay Kaplan教授表示，等到更年期才服用雌激素並不符合「預防」的概念。
這項研究是基於雌激素（包括口服避孕藥）可預防血管疾病，但於發病後並不能治療的假設，且目前仍在動物實驗階段。實驗發現，在對猴子施以雌激素的治療後，確實有效降低了血液中的脂肪酸。Jay Kaplan向美國病理學家學會表示，他們這項研究證實，心血管健康深受體內荷爾蒙的影響，而這個影響早在更年期前數年就會發生。在更年期前數年就缺乏雌激素的女性，不管她們在更年期時有沒有接受HRT，她們在更年期時罹患心臟病的危險比起一般女性要更高。
關於HRT的爭議始終不斷，而且一直沒有令大家滿意的定論。然而值得我們思考的是，更年期其實是每個女人必經的生命階段，而更年期荷爾蒙降低更是正常的自然現象。當醫師告訴我們荷爾蒙缺乏時，我們應該問的是，更年期荷爾蒙標準濃度到底是多少？在更年期被如此視為「疾病」而需要接受「治療」時，我們其實更要質疑，為何女性的身體總是被負面地看待？背後得到最大利益者到底是誰？