自體免疫疾病指的是人體內免疫系統攻擊自身正常細胞的疾病，如全身性紅斑狼瘡（SLE）、抗磷脂症候群（APS）皆屬此類疾病，前者影響到患者的腦、神經系統、心、肝、腎、皮膚、關節等，主要患者是女性（女性患者的數量約為男性的10倍），常發生在20歳和30歲之間；後者的主要症狀則有動脈或靜脈的血栓、血小板減少、懷孕期間時的高血壓、自發性流產、早產或胎死腹中等。一般認為患有此兩種病帳的婦女，少孕和懷孕的併發症會增加。
歐洲抗風濕性關節炎聯盟（EULAR）在2015年的年會中，對患有SLE和APS的婦女，依其家庭計劃、生育、懷孕和更年期等健康問題，提供重要的指南。
EULAR建議SLE或APS的婦女在準備懷孕時，應接受醫生的諮商，衡量病情的進展、血清資料、高血壓和用藥（重點放在奎寧，也是治療SLE的方法之一）；並且考慮如何保存生育能力，協助生育。
EULAR的建議包括：
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SLE和APS的婦女，基於她們的病情和血栓的風險，應考慮節育的方法，特別是有APS 的抗體時。
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在使用alkylating agent（一種治療SLE的抗癌藥物）前，應考慮人造的GnRH（可促進卵子的成長），以保存生育的能力。
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協助生育的技術，在病情穩定或潛伏期時，可安全使用，但仍必須考慮預防血栓或突發症狀的方法。
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病情的發展、血清的標誌（可找出血清的抗體，確認感染）和腎功能的指標皆可用來監控懷孕時突發的症狀和不良的反應。
另外，瑞典從人口註冊資料中，檢視SLE患者在懷孕及相關併發症時（妊娠高血壓），對心臓血管的影響，也在EULAR年會上提出報告。在3232個患有SLE的婦女中，發現從未有過生育經驗者，其心臟血管症狀發生的機率最高；而懷孕或併發症，並不會促使心臟血管症狀的增加。
資料來源：歐洲抗風濕性關節炎聯盟（European League Against Rheumatism，EULAR）